Latvijas Zēģelētāju savienības augstākā lēmējinstitūcija ir Latvijas Zēģelētāju savienības biedru pilnsapulce, un tā tiek sasaukta ne retāk kā vienu reizi gadā. Savukārt Latvijas Zēģelētāju savienības izpildinstitūcija ir valde, kas sastāv no valdes priekšsēdētāja, un 7 valdes locekļiem. Valdes priekšsēdētājs ir LZS prezidents. Valdes priekšsēdētāja prombūtnes laikā viņa pienākumus veic valdes priekšsēdētāja vietnieks. Valdes sēdes var tikt sasauktas pēc nepieciešamības.
LZS Valdes Reglaments: 
LZS valdes reglaments 2016
Latvijas Zēģelētāju savienības Valdes locekļi:
| Prezidents | – | – |
| Viceprezidents | Normans Penke | normans.penke@sailinglatvia.lv
t. 28347781 |
| Valdes loceklis |
Inga Jākobsone |
inga.jakobsone@latnet.lv
t. 29421995 |
| Valdes loceklis |
Kristīne Kanska |
kanska1409@gmail.com
t. 29247411 |
| Valdes loceklis | Rihards Vaivods | rihardsv@inbox.lv
t. 29263645 |
| Valdes loceklis | Māris Birzulis | maris.birzulis@burusports.lv
t. 29239298 |
| Valdes loceklis | Valters Romans | valters@laivulietas.lv
t. 29235659 |
| Valdes loceklis | Juris Rožkalns | juris.rozkalns@gmail.com
t. 29232785 |
Latvijas Zēģelētāju savienības Goda prezidents – Māris Gailis, Ansis Dāle
Latvijas Zēģelētāju savienības valde ievēlēta 2020. gada 12. martā uz 4 gadiem.
2023. gada 11. janvārī biedrības “Latvijas Zēģelētāju savienība” prezidents L. Loginovs ir iesniedzis paziņojumu par atkāpšanos no prezidenta amata.
Saskaņā ar Latvijas Zēģelētāju savienības statūtiem paraksta tiesības ir LZS prezidentam un valdes priekšsēdētāja vietniekam atsevišķi un pārējiem valdes locekļiem kopā.